徐锡明

徐锡明

博士

副研究员

硕士生导师

科室：

海洋创新药物筛选与评价平台

办公电话：

0532-85902578

电子邮箱：

xuximing@ouc.edu.cn

联系地址：

山东省青岛市香港东路23号青岛海洋生物医药研究院C301

研究方向：

1.基于结构的海洋药物发现和设计

2海洋结构药理学

3. 分子对接方法研究

个人简介

主要从事基于结构的海洋药物药物发现和设计，以及结构药理学研究，通过计算机辅助、生化模型，细胞模型等多尺度跨学科进行海洋药物筛选，以结构为重点，从构象、相互作用、水环境等进行设计，研究精准的分子对接方法，开发watvina分子对接工具。近年来在PNAS等杂志上发表论文30余篇，主持国家自然科学基金、山东省重点研发计划子课题等项目。

教育背景

2010.09~2014.09

法国巴黎第七大学功能与适应生物学部

生物化学

博士

2007.09~2010.06

兰州大学生命科学学院

生物物理

硕士

2003.09~2007.06

兰州大学生命科学学院

生物技术

学士

工作经历

2018.10~今

学院金沙3777官方网站

副研究员

2016.10~2018.09

江苏理工学院生物信息与医药工程研究所

副研究员

2015.11~2016.09

法国巴黎巴斯德研究所

博士后

2014.09~2015.11

法国巴黎心血管研究中心

博士后

承担课程

高等药物化学（研究生课程）

计算机辅助药物设计（研究生课程）

抗体药物工程（研究生课程）

生物化学实验（本科生课程）

研究进展

海洋天然产物具有结构复杂、获取困难、含量少等诸多成药性开发挑战，进一步在化学空间下进行优化也需要海量的计算，近年来计算硬件有了巨大发展，尤其是异构计算的发展，但分子对接的准确性依然存在着挑战，相互作用难以解释其构效关系，复杂的溶剂环境成为一个重要的突破点，蛋白质活性口袋内水分子网络的定量评估，成为实验和理论上难以解决的重要科学问题。本课题组最近在watvina分子对接软件上不断优化，提升其对构象预测的准确性，在相互作用、水分子网络、药效团等方面改进，为进一步计算结合自由能提供可靠的构象。

从技术到应用方向，课题组关注疾病及其共性来源，靶向衰老细胞是治疗各种慢性疾病的共同目标，关注促进衰老细胞死亡与抑制衰老相关分泌表型的药物发现，根据靶点结构，发现和设计海洋抗衰老药物是目前正在推进的课题，为“蓝色药库”贡献新的思路。

代表性论文

[1] Zhang S, Sun Y, Yao F, Li H, Yang Y, Li X, Bai Z, Hu Y, Wang P*, Xu X*. Ginkgo Biflavones Cause p53 Wild-Type Dependent Cell Death in a Transcription-Independent Manner of p53[J]. J Nat Prod. 2023. doi:10.1021 /acs.jnatprod.2c00959.

[2] Bai D, Sun Y, Li Q, Li H, Liang Y, Xu X*, Hao J*. Leonurine attenuates OVA-induced asthma via p38 MAPK/NF-κB signaling pathway[J]. Int Immunopharmacol. 2023;114:109483.

[3] Yang C#, Li D#, Wang S, Xu M, Wang D, Li X, Xu X*, Li C*. Inhibitory activities of alginate phosphate and sulfate derivatives against SARS-CoV-2 in vitro[J]. Int J Biol Macromol. 2023;227:316-328.

[4] Luo D#, Liu X#, Jiang L, Guo Z, Lv Y, Tian X, Wang X, Cui S, Wan S, Xu X*, Li X*, Qu X*. Rational Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Novel S1PR2 Antagonists for Reversing 5-FU-Resistance in Colorectal Cancer[J]. J Med Chem. 2022,65(21):14553-14577.

[5] Zhang S, Wang Y, Sun Y, Zhao G, Wang J, Liu L, Liu F, Wang P*, Xu X*. 4′,7-Di-O-methylnaringenin (DMNG), a naringenin derivative, activates p53 signal pathway through down-regulating MDM2[J]. Journal of Functional Foods, 2022, 89: 104962.

[6] Zhang Y, Wang Y, Zhao Z, Peng W, Wang P, Xu X*, Zhao C*. Glutaminyl cyclases, the potential targets of cancer and neurodegenerative diseases[J]. European Journal of Pharmacology, 2022,931:175178.

[7] Zhao G#, Liu X#, Wang S#, Bai Z, Zhang S, Wang Y, Yu H*, Xu X*, Hydrogen bonding penalty used for virtual screening to discover potent inhibitors for Papain-Like cysteine proteases of SARS-CoV-2[J].Chemical Biology & Drug Design. 2022,100(4):502-514.

[8] Zhao C, Xie Y, Xu L, Ye F, Xu X, Yang W, Yang F, Guo J. Structures of a mammalian TRPM8 in closed state[J]. Nature Communications, 2022, 13(1): 3113.

[9] Zhang S, Wang Y, Sun Y, Zhao G, Wang J, Liu L, Liu F, Wang P, Yang J*, Xu X*. Hinokiflavone, as a MDM2 inhibitor, activates p53 signaling pathway to induce apoptosis in human colon cancer HCT116 cells[J]. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2022, 594: 93–100.

[10] Wang J, Yu X, Ding Z J, Zhang X, Luo Y, Xu X, Xie Y, Li X, Yuan T, Zheng S J, Yang W, Guo J. Structural basis of ALMT1-mediated aluminum resistance in Arabidopsis[J]. Cell Research, 2022, 32(1): 89–98.

[11] Zhang S#, Wang Y#, Liu L, Zhao G, Sun Y, Wang J, Liu F, Wang P*, Xu X*. Virtual Screening Inhibitors of Ubiquitin-specific Protease 7 combining Pharmacophore Modeling and Molecular Docking[J]. Molecular Informatics, 2022,e2100273.

[12] Wang Y, Zhang S, Zhang Y, Yao F, Zhao G, Wang J, Liu L, Yang Y, Li X, Sun Y, Hu Y, Bai Z, Wang P*, Li R*, Xu X*. American Chemical Society, 2021. Screening and Evaluation of Flavonoids as Xanthine Oxidase Inhibitors for Reducing Uric Acid through Combined Cell Biology and Molecular Simulation[J]. ACS Food Science & Technology, 2021, 1(11): 2182–2191.

[13] Liu X, Liu Y, Zhao G, Zhang Y, Liu L, Wang J, Wang Y, Zhang S, Li X, Guo D, Wang P*, Xu X*. Biochemical Characterization of Arylamine N-acetyltransferases From Vibrio vulnificus[J]. Frontiers in Microbiology, 2021, 11.

[14] Li B, Zhou Q, Wang H, Zha Y, Zheng P, Yang T, Ma D, Qiu L, Xu X, Hu Y, Roig A, Yu S, Xue W. Mitochondria-targeted magnetic gold nanoheterostructure for multi-modal imaging guided photothermal and photodynamic therapy of triple-negative breast cancer[J]. Chemical Engineering Journal, 2021, 403.

[15]Xu X#, Zhang W#, Berthelet J, Liu R, Michail C, Chaffotte A F, Dupret J-M, Rodrigues-Lima F. From transglutaminases (TGs) to arylamine N-acetyltransferases (NATs): Insight into the role of a spatially conserved aromatic amino acid position in the active site of these two families of enzymes[J]. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2020, 525(2): 308–312.

[16] Li Z, Li X, Huang Y-Y, Wu Y, Liu R, Zhou L, Lin Y, Wu D, Zhang L, Liu H, Xu X, Yu K, Zhang Y, Cui J, Zhan C-G, Wang X, Luo H-B. Identify potent SARS-CoV-2 main protease inhibitors via accelerated free energy perturbation-based virtual screening of existing drugs[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2020, 117(44): 27381–27387.

[17] Aubey F#, Corre J-P#, Kong Y#, Xu X#, Obino D, Goussard S, Lapeyrere C, Souphron J, Couturier C, Renard S, Dumenil G. Inhibitors of the Neisseria meningitidis PilF ATPase provoke type IV pilus disassembly[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), 2019, 116(17): 8481–8486.

[18]Xu X, Mathieu C, Berthelet J, Duval R, Linh Chi Bui, Busi F, Dupret J-M, Rodrigues-Lima F*. Human Arylamine N-Acetyltransferase 1 Is Inhibited by the Dithiocarbamate Pesticide Thiram[J]. Molecular Pharmacology, 2017, 92(3): 358–365.

[19]Li S#, Wang L#, Xu X#, Lin S, Wang Y, Hao J*, Sun M*. Structure-Based Design and Synthesis of a New Phenylboronic-Modified Affinity Medium for Metalloprotease Purification[J]. Marine Drugs, 2017, 15(1).

授权专利

1. 异噻(硒)唑酮类衍生物及其在抗冠状病毒药物中的应用（202110470383.9），位次1；
2. 一种生物芯片点样仪（202123062192.3），位次2；
3. 种基于rmsd多特征的药物分子动力学结果分析方法（202010454509.9），位次3；
4. 一种石莼多糖裂解酶及其编码基因与应用（202010422452.4），位次3；
5. 冬凌草甲素衍生物及其制备方法和应用（201711462771.2），位次3；
6. 一种抑制尿酸盐转运蛋白1的甘松提取物及其制备方法与应用（202210387242.5），位次3；
7. 替加色罗在制备用于预防或治疗冠状病毒感染的药物中的应用（202011398006.0），位次2。

项目课题

1. 国家自然科学基金青年项目，空间保守位点对芳香胺N-乙酰转移酶催化机制的作用（31900910），主持；
2. 青岛市科技惠民示范引导专项, 新型冠状病毒肺炎防治的海洋药物筛选与疫情应对策略研究（20-4-1-4-nsh）, 主持；
3. 山东省重点研发计划，海洋创新药物系统临床前研究与药物开发（2020CXGC010503），子课题负责人；
4. 江苏省自然科学基金青年项目，具处理芳香胺污染应用前景的NAT机制研究（BK20170312），主持；
5. 国家自然科学基金专项项目，基于邻近氧化技术的精准氧化还原检测方法的建立和应用（32250014），参与;
6. 国家重点研发计划，药物××计算系统（2018YFB×××204），参与；
7. 山东省科技重大专项，海洋生物多糖类创新药物研发（2021ZDSYS22），参与。